水草云

主题培训通知

1. 培训标题

单晶结构解析和晶体可视化培训

2. 主题背景和培训必要性

单晶结构解析是表征化合物结构最直观，也是最有效的手段之一。通过单晶结构解析可获得化合物的原子排列信息，能很好地揭示材料深层的结构与性能之间的关系，从而有助于获得重要的学术研究成果，发表高水平的学术论文。目前许多研究工作者，尤其是从事药物合成，配位化合物设计合成，光电磁新型晶态化合物等研究领域的，对晶体结构解析有重要需求。特别是对一些空间群难以确定、复杂无序、孪晶、手性绝对构型确定等较难解析的晶体结构束手无策。考虑到有些科研工作者对单晶解析感兴趣，又不太了解。本次培训将在介绍单晶解析理论基础上，分别介绍应用目前最新的图形界面化（GUI）程序包括Shelxl2016、Olex2、Sir2014等单晶结构解析程序解析单晶结构，运用包括最通用和经典的Direct Methods，Patterson Method两种算法以外，还包括最新发展的Charge Flipping，Intrinsic Phasing，Structure Expansion和Dual Space算法，展示最新算法在解析结构方面的优势。提供实例讲解解析晶体结构的完整过程，如何处理晶体无序、孪晶。如何利用 WinGX、Platon、Sir等程序辅助确定空间群、寻找栾晶矩阵、去除无法确定的溶剂衍射贡献等，以及如何进一步精修，利用Encifer完善CIF文件信息编辑，获得尽可能消除A、B类警告的checkcif报告，申请CCDC编号等满足文章发表的要求。最后讲解绘制酷炫的晶体晶胞图、画ORTEP图、堆积图等等，结合晶体学数据库包括CCDC、ICSD、Crystallography Open Database、Springer Materials的检索使用，对CIF结构信息进行有效的提取、分析与利用，晶体学各种数据格式之间的相互转化。通过本次培训，可以让学员掌握晶体结构解析技术，处理一些常见的晶体结构解析问题，满足日常的晶体结构解析需要，学会绘制晶体图，检索晶体数据库，对晶体结构信息进行有效利用与提取，发表高水平的学术论文。

3. 培训主要内容

1. 系统讲解晶体学基础；

2. 应用Shelxl2016程序解析单晶结构；

3. 应用Olex2程序解析单晶结构；

4. 应用Charge Flipping等新算法解析单晶结构；

5. 常见的晶体解析问题处理（无序、孪晶、去除溶剂衍射贡献等）；

6. 如何完善CIF文件信息编辑，尽可能消除checkcif的A、B类警告；

7. 晶体图的绘制（晶胞图、ORTEP图、堆积图、氢键、π-π相互作用等）；

8. 晶体数据库的检索与使用。

4. 涉及学科和研究领域

化学、材料、物理学科中凡与晶体结构有关的研究领域

5. 该培训拟提高学员如下方面的能力

1. 了解单晶以及单晶测试与解析基本方法；

2. 掌握Shelxl2016 单晶结构解析的基本方法和通用流程；

3. 掌握Olex2单晶结构解析的基本方法和通用流程；

4. 掌握Charge Flipping等新算法单晶结构解析的基本方法和通用流程；

5. 处理常见的单晶解析问题；

6. CIF文件信息编辑，获得尽可能消除A、B类警告的Checkcif文件，满足文章发表要求；

7. 掌握晶体图的绘制；

8. 晶体数据库的检索与使用。

6. 培训专家介绍

张江威：清华大学化学系无机化学博士，主要从事过渡多金属氧簇和贵金属团簇的功能化修饰及其催化性能研究，对于晶体结构解析，包括传统单晶X射线衍射，同步辐射X射线衍射，粉末衍射及电子衍射方面有多年的研究经历。在晶体可视化方面，独到的视角，设计相关结构的封面曾经被Angew. Chem. Int. Ed.及Chem. Commun.等国际有影响力的杂志所采用。目前是中国化学会会员，中国晶体学会会员，英国皇家化学会（MRSC）会员。

7. 培训日程表

注：

1. 实际培训安排可能有少许变动。

2. 学员需自带笔记本电脑。

3. 学员也可以提前将自己研究的相关数据，例子问题反馈给我们，我们制定相应的日程安排来完成这次培训。

第一天	8:30-9:00	学员注册报到，领取培训资料
	9:00-9:50	晶体学基础
	9:50-10:00	茶歇
	10:00-11:20	单晶培养
	11:20-11:30	茶歇
	11:30-12:00	答疑与讨论
	12:00-13:30	午餐
	13:30-14:30	单晶测试
	14:30-14:40	茶歇
	14:40-16:10	cif文件
	16:10-16:20	茶歇
	16:20-17:30	结构解析理论基础及算法
	17:30-18:00	答疑与讨论
第二天	9:00-10:30	讲解Shelxtl各模块使用方法：XPREP, XS, XL, XP, XCIF
	10:30-10:40	茶歇
	10:40-12:00	实例讲解与实践训练，掌握Shelxtl 单晶结构解析的基本方法和通用流程
	12:00-13:30	午餐
	13:30-15:30	用XP画图（晶胞图、堆积图、ORTEP图等）
	15:30-15:40	茶歇
	15:40-17:30	实例讲解与实践训练
	17:30-18:00	答疑与讨论
第三天	9:00-10:30	使用Olex2及新算法Intrinsic Phasing进行晶体解析与精修
	10:30-10:40	茶歇
	10:40-12:00	实例讲解与实践训练
	12:00-13:30	午餐
	13:30-15:30	无序、孪晶、去除溶剂衍射贡献等处理
	15:30-15:40	茶歇
	15:40-17:30	实例讲解与实践训练
	17:30-18:00	答疑与讨论
第四天	9:00-10:30	其他辅助解析软件Platon, SIR, WinGX的运用辅助寻找栾晶矩阵，确定空间群，空间群变换
	10:30-10:40	茶歇
	10:40-12:00	实例讲解与实践训练
	12:00-13:30	午餐
	13:30-15:30	晶体可视化软件Diamond Mecurry的综合运用
	15:30-15:40	茶歇
	15:40-17:30	晶体学数据库的检索使用
	17:30-18:00	答疑与讨论
	培训结束